Thaçi a Koszovói Felszabadítási Hadsereg (UCK) egyik vezetője volt a Szerbiától történő elszakadásért vívott háború idején. A törvényszék szerint felelősség terheli 96 politikai ellenfél, illetve a szerb biztonsági erőkkel való együttműködéssel gyanúsított személy meggyilkolásáért. Thaçi a per során mindvégig tagadta az ellene felhozott vádakat.
A volt államfő mellett az UCK három másik egykori magas rangú vezetője, Kadri Veseli, Rexhep Selimi és Jakup Krasniqi is a vádlottak padján ült. Az ügyészség mind a négy vádlottra 45 év szabadságvesztés kiszabását kérte. A vád szerint a bűncselekményeket 1998 márciusa és 1999 szeptembere között Koszovóban, illetve Észak-Albánia egyes területein követték el olyan civilekkel és más személyekkel szemben, akiket az UCK ellenfeleinek tekintettek.
A 2023 áprilisában kezdődött per rendkívül terjedelmes bizonyítási eljárással zajlott. A törvényszék szerint mintegy 270 tanú vallomását vették figyelembe, több mint 5400 bizonyítékot fogadtak be, a tárgyalási jegyzőkönyvek pedig csaknem harmincezer oldalt tesznek ki.
Az ítélet kihirdetését nagy figyelem kísérte Koszovóban. Thaçit és vádlott-társait sok koszovói albán továbbra is a függetlenségi harc hőseinek tekinti. Pristinában és más koszovói városokban óriáskivetítőkön követték a hágai tárgyalást, Hágában pedig Thaçi támogatói UCK-zászlókkal gyülekeztek a bíróság épületénél.
A hágai székhelyű Koszovói Különleges Törvényszéket 2015-ben hozták létre nemzetközi nyomásra, hogy a koszovói jog alapján az UCK egykori tagjainak tulajdonított háborús és háború utáni bűncselekményeket vizsgálja. Thaçi 2016 és 2020 között volt Koszovó elnöke; 2020-ban, a vádemelést követően lemondott tisztségéről, és Hágába távozott, ahol azóta fogva tartják.
Thaçi ellen másik eljárás is folyamatban van Hágában, amelyben tanúk befolyásolásával vádolják. A volt koszovói elnök ezeket a vádakat is tagadja.
